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SWATH技术介绍

   日期:2015-03-11     浏览:195    评论:0    
核心提示:SWATH(Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass Spectra)是瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold 博士及其团队与AB-SCIEX联合推出的一项全新的质谱技术。与传统的shot-gun技术相比,SWATH采集模式能够将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂,从而获得完整的肽段信息。因此,SWATH
SWATH(Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass Spectra)是瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold 博士及其团队与AB-SCIEX联合推出的一项全新的质谱技术。与传统的shot-gun技术相比,SWATH采集模式能够将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂,从而获得完整的肽段信息。因此,SWATH技术是一种真正全景式的、高通量的质谱技术,同时也解决了shot-gun鉴定较低重复度的缺点。SWATH采集,使每次实验分析中大量蛋白质/肽段定量分析的准确度和动态范围都优于数据依赖采集(DDA)。

SWATH常见问题

Q - 对于质谱来说,什么是影响SWATHTM采集数据好坏的关键因素?
A- 像SWATH技术这样的非数据依赖采集模式,需要对覆盖所有肽段的质量范围进行步进式扫描,每一步都要采集所有化合物的MSMS数据。MSMS高分辨率是一个关键参数,它可以在复杂体系中特异性提取靶向化合物的碎片。更重要的参数是需要高速采集MSMS数据。我们发现,更窄的分离窗口产生的数据特异性更高,因此需要更多的步长覆盖完整的扫描范围,更快的MSMS采集速度来保持最佳的循环时间。这就是TripleTOF系统才是进行SWATH采集技术的唯一平台:因为高分辨MSMS和高采集速度同时实现;因为可以采用更小的分离窗口。

Q - 进行SWATHTM数据处理时,建立离子数据库的最佳方法是什么?
A- 现在用于SWATH靶向数据处理的工作流程非常简单。你只需要多肽母离子m/z,以及主要碎片的m/z和相对丰度,以及保留时间。现在我们主要使用两种策略:IDA采集数据蛋白鉴定或来源于外部数据库。在第一种方法中,通过信息依赖采集方法(IDA)对样品进行数据采集,蛋白通过ProteinPilotTM 软件或其它的搜素引擎进行鉴定,鉴定到的多肽即为用于SWATH数据处理的离子数据库。选择1D LCMS 或者2D LCMS技术路线取决于我们研究对象数据库的复杂度。借助生物信息学方法,我们还可以对来自于外部数据库的MSMS数据进行靶向蛋白分析,同时创建离子数据库,此时需要进行保留时间校正。

Q - 通过SWATHTM方法采集数据时,进行保留时间校正的最佳策略是什么?
A- 通过SWATHTM软件进行数据处理时,你需要确定一个合理的窄的保留时间窗口,以避免选择错误的色谱峰。现在有两种策略用于校正实际观察到的保留时间和数据库中的保留时间的差异。有的实验室通过在样品中增加多肽标准品,用于数据库构建和SWATH数据采集,这对保留时间的校正很有帮助。我们还可以使用样品中存在的某些已知的中等/高丰度的多肽作为参考物对保留时间进行校正。

Q - SWATHTM 采集方法在定量蛋白质组分析方面是非常好的技术,它与目前广泛接受的MRM技术相比有什么优势呢?
A - 这与你选择哪一款三重四极杆/QTRAP质谱相关。为了比较SWATH采集方法与MRM方法的效率,我们在最高端的QTRAP 6500进行MRM分析,然后与TripleTOF®的SWATH数据采集结果进行比对。通过SWATHTM采集方法,你可以在一次进样中大规模地对多肽进行定量分析,定量重现性与MRM方法相当。在QTRAP 6500平台上,进行scheduled MRM的离子对个数比SWATH方法显著减少。但是由于QTRAP 6500的灵敏度和MRM方法的特异性,我们可以对样品中低丰度的多肽进行定量分析。最重要的是,因为使用相同的离子源和离子碰撞技术,TripleTOF平台的SWATHTM采集方法与QTRAP平台的MRM方法可以无缝链接,显著减少方法开发的时间。
 
   创新的蛋白质组学质谱应用新技术_SWATH技术.pdf
 
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