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RIP技术(RNA结合蛋白免疫沉淀)

放大字体  缩小字体 发布日期:2017-07-30  浏览次数:7
RIP技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation,RNA结合蛋白免疫沉淀),是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同(如复合物不需要固定,RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶,抗体需经RIP实验验证等等)。RIP技术下游结合microarray技术被称为RIP-Chip,帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。

Millipore基于磁珠的RIP实验流程

RIP 实验基本原理:

1. 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。

2. 防止非特异性的RNA的结合。

3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。

4.结合的RNA序列通过microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量测序(RIP-Seq)方法来鉴定。

延伸阅读:95%的人类基因组并不编码基因,而是产生大量的非编码RNA,真正编码蛋白质的基因只占人类总基因组的约2%。这些非编码RNA在生命的生长发育的各个阶段都发挥着重要的调节作用,与艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多种病变密切相关,并且参与着干细胞和表观遗传学调控。而RNA-蛋白复合物驱动了几乎所有细胞过程的基因表达的转录后调控,包括剪接(splicing)、出核转运(nuclear export)、mRNA 稳定性以及蛋白转译过程,因此,对基因调控的了解就有赖于确定这些过程中RNA的结合的变化。因此,RNA研究也被越来越多的科学家重视起来,目前已经成为生命科学研究中一个炙手可热的领域,而RIP技术也逐渐成为RNA研究领域的一项常规方法,帮助我们了解越来越受关注的转录后调控网络。

 
关键词: RIP RIP-Chip RIP-Seq 责任编辑:news8
 
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