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美政府关门致Pubmed停更,国家基因库CNSA提供有力科研支撑

   日期:2018-01-24     来源:科学网    评论:0    
核心提示:前几天,由美国政府关门导致的PubMed停更事件,在学术界掀起了不小风浪。PubMed停更期间,向NCBI提交数据、索要数据注册号、更新PubMed索引等相关服务都不会被受理。PubMed 是什么?它是美国国家生物技术信息中心NCB

前几天,由美国政府“关门”导致的PubMed停更事件,在学术界掀起了不小风浪。PubMed停更期间,向NCBI提交数据、索要数据注册号、更新PubMed索引等相关服务都不会被受理。

PubMed 是什么?它是美国国家生物技术信息中心NCBI(National Center for Biotechnology Information)于2000年4月开发的一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要的数据库。

停更事件的发生,对从事生命科学的研究者来说,可谓冲击不小,但同时也给我们敲响了警钟:我们所依赖的类似于PubMed的国外服务,如果因为政治、经费或其他原因,对我们关闭,必将产生极大的影响。

深圳国家基因库作为服务于国家战略的国家级公益性创新科研及产业基础设施,对数据资源的保护和利用已有布局,并于2017年10月25日,深圳国家基因库正式发布了国家基因库核酸序列归档系统(CNGB Nucleotide Sequence Archive , CNSA)。该系统是一个方便、快捷地在线提交生物研究项目、样本、实验等信息数据的系统,致力于生物测序信息和数据的存储、共享,旨在为全球的研究者提供当前最全面的数据和信息资源,提高研究者访问和使用数据的便捷性和深入性。

亮点一:结合国际权威的数据结构标准、满足科研成果的全球共享

结合国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC)和DataCite标准,CNSA同时接受原始序列和其他支撑数据的递交和归档,实现数据全生命周期——从产生、递交、同步、查询到下载等过程的完整归档,以确保科研成果的完整性。

原始数据文件及元数据信息递交完成后,经后台管理员审核信息无误后,CNSA默认以ENA(European Nucleotide Archive,欧洲核酸档案库)代理(broker)的身份将其同步至ENA公共数据库。当然,CNSA承诺用户可自由选择同步的数据库,包括 NCBI-SRA和DDBJ-DRA 。

亮点二:遵循文章发表前的国际数据开放协议,支撑全球科研文章的发表

CNSA遵循Fort Lauderdale Agreement, NHGRI Rapid Data Release Policies, Joint Data Archiving Policy, CC0-No Rights Reserved等国际数据开放原则和协议,接受来自全球科研的测序研究数据(包括原始数据和其他支撑数据)递交,其数据递交服务可作为文献出版流程的补充,支持早期数据的共享。

亮点三:遵循不同的数据伦理和权限申明

CNSA遵循用户所在国家的《人类遗传资源管理暂行办法》和伦理规范,对用户提交的数据和信息,进行伦理批件和人类遗传资源出入境批件的审编和备份。

亮点四:采用不同颗粒度的安全等级管理

CNSA结合不同的数据类别和处理方式,采用相应的技术和管理措施,确保数据处于对等的安全级别保护。

亮点五:应用高可用的分布式数据归档系统

CNSA采用高性能的分布式对象存储进行数据归档,结合独立的高可用备份存储系统,实现数据的安全存储。

亮点六:拥有高效互联的传输带宽和物流网络

CNSA依托深圳国家基因库和华大的高效互联的传输带宽和物流网络,覆盖全球多中心,可协助用户快速递交数据并同步至国际公共数据库。

亮点七:拥有本地化的中文服务,快速反馈,零距离沟通

CNSA提供中英文人工双语服务,可通过电话、邮件等方式联系我们,实现无障碍、零距离沟通。

CNSA还拥有支撑亿级数据的搜索引擎,用户可组合任意的搜索关键词进行搜索,实现数据和信息的秒级响应,并可快速获得下载的数据文件。

此外,值得一提的是,国家基因库拥有强大的硬件支撑能力。其集群具备业界领先的631百万亿次计算,88.5P存储能力,集成开源无损压缩技术QUIP、自行开发Copytool,实现测序下机数据无损压缩比达到10倍。同时,国家基因库对管理和技术两个方向进行系统性的优化与提升,已通过国家信息安全等级保护三级认证,保障数据安全。

国家基因库核酸序列归档系统(CNSA)将支撑全球科研成果的发表,实现对不同研究类型和规模的数据共享,提高科研成果再现性,促进科技的新发现。欢迎使用。

国家基因库核酸序列归档系统(CNSA)访问链接:https://db.cngb.org/cnsa
 

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